LifeCode 2017

Примеры задач для Хакатона

1. Разработка нового метода диагностики рака молочной железы.

Рак молочной железы нередко вызывается мутациями в гене BRCA1. Считается, что значительный процент таких мутаций - это протяженные делеции (отсутствие больших участков гена), которые не выявляются современными методами секвенирования. Тем не менее, эти делеции, возможно, получится обнаружить с помощью других методов анализа результатов секвенирования.

Результаты проекта будут использованы при диагностике рака молочной железы в Новосибирской области.


2. Поиск антибиотиков, способных бороться с раком.

Некоторые антибиотики могут портить жизнь не только бактериям, но и митохондриям наших собственных клеток. Раньше это рассматривалось как неприятный побочный эффект, но недавно было предложено использовать это свойство для борьбы с раковыми клетками. Требуется подобрать антибиотики или их производные, способные эффективно связываться с  митохондриальной рибосомой, ее пространственная структура известна.

Результаты проекта будут проверены в экспериментальной работе с митохондриями.


3. Поиск доменов в белках.

Трехмерная структура белка описывается координатами атомов в пространстве, их типом и химическими связями друг с другом. На другом уровне организации белки состоят из доменов, каждый из которых несет свою функциональность и располагается отдельно от других доменов. Задача заключается в предсказании пространственных доменов белка, если известна его трехмерная структура и домены в других подобных белках.

Результат проекта - новый инструмент для биоинформатиков, который будет использоваться для классификации белков, предсказания их свойств, проектирования новых белков.